同館は事業費や人件費を大幅削減、サポーターらの支援で自主運営を続けたが、市側は市有地である敷地の無償貸与を撤回。賃料など年間3400万円を要求してきた。15年には「不法占拠」だとして、財団に対し建物の撤去と敷地の返還を求める訴訟を大阪地裁に起こした。

同館周辺はかつて全国水平社の本部が置かれ、解放運動の中心地だった地域。同館の前身は28年に建設された栄小学校。差別撤廃と教育の向上を願い、地域の人々が市に土地と建物を寄贈したという歴史がある。第１回口頭弁論で石橋武理事長（館長）は被告として意見陳述を行い、こうした経緯を説明。「提訴は法人解散と廃館という政治的意図に基づいた行政権力の乱用」と訴えた。